Vanuit zijn vakgebied, de biochemie, onderzoekt hij of de theorie stand houdt als ze onderzocht wordt vanuit de levende cel: Darwins "zwarte doos", die immers het geheim bevat van variatie en reproductie. Behe legt uit dat de interne werking van de cel onherleidbaar complexiteit is: de cel bevat allerlei 'robots' samengesteld uit talrijke complexe onderdelen die vaak onmisbaar blijken voor de werking ervan. Volgens Behe stelt dit een groot probleem voor de gangbare evolutietheorie. Uit reacties op dit boek is gebleken dat velen zijn boek vrij oppervlakkig lezen. In de epiloog van de heruitgave in 2006 overloopt Behe daarom de belangrijkste misvattingen: graduele evolutie is niet perse onmogelijk maar wel zoveel onwaarschijnlijker. In 2007 gaat hij daar verder op in met zijn volgend boek. Behe is bij het grote publiek geassocieerd geraakt met de Intelligent Design beweging.