Het originele ophefmakende boek dat Darwin in 1859 publiceerde, ruim 20 jaar na zijn reis op de Beagle. Darwins opmerkzame geest blijkt opvallend uit de vele waarnemingen die hij erin verwerkt. Hij was zich bewust dat het feitenmateriaal niet ondubbelzinnig was maar zijn theorie leek hem het best overeen te komen met het geheel van de waarnemingen die hij dusver had gedaan. Zelf had hij geen flauw idee van het mechanisme dat overerving en variatie zou verklaren, tenzij dat het vermoedelijk verbonden zou zijn met de reproductieve organen. Darwin had het vooral moeilijk met 'onvolmaaktheden' in de natuur, waaronder roofdieren en parasieten. Hij ging ervan uit dat verder wetenschappelijk onderzoek zijn theorie wel zou bevestigen a.d.h.v. extra feiten, die volgens hem nog nodig waren om de theorie voldoende te onderbouwen.